Deze microscopen kunnen voor veel dingen worden gebruikt. We hebben ze verdeeld in vier groepen.

Opzichtmicroscoop: bij deze microscopen valt het licht van bovenaf op het object. Deze microscopen worden gebruikt om grotere objecten te bestuderen bij een vergroting van 10-60x, zoals postzegels, stenen, munten, weefsels, bladeren, etc.

Doorlichtmicroscoop: bij deze microscopen komt het licht van onderen. Het gaat door het onderwerp heen, vandaar ook de naam. Deze microscopen hebben een sterkere vergroting van opzichtmicroscopen en zijn bedoeld voor het bestuderen van zeer kleine objecten, zoals cellen, haren, weefsel, etc.

Junior microscopen: onder deze noemer kunnen zowel opzicht- als doorlichtmicroscopen vallen. De juniormicroscopen zijn vooral bedoeld voor kinderen en worden vaak geleverd in een mooie set met bijvoorbeeld een koffer en preparaten om meteen spelenderwijs de wereld van microscopie te ontdekken.

Zakmicroscopen: deze microscopen werken op batterijen en zijn een microscoop in zakformaat, om onderweg of in de tuin bijvoorbeeld planten en gewassen te bekijken.

LCD-microscopen: deze microscopen hebben geen oculair(en) om doorheen te kijken, maar een LCD-scherm waarop je het object kunt zien.